Panunggalan berarti  Penyatuan atau penggabungan. Nama Panunggalan hasil dari penyatuan atau penggabungan dua wilayah desa, yaitu Desa Panunggalan dan Desa Kedungwungu. Sebelum Panungggalan terbentuk, sebelumnya terdapat dua Kelurahan yaitu :

A. Kelurahan Panunggalan, terdiri dari 9 Krajan, yaitu:

1. Krajan Utara (Jeding),
2. Utara Timur (Tonto),
3. Tengah Timur (Jenggotan),
4. Tengah (Randu Rubuh/ Rayung Kusumo),
5. Tengah Selatan (Sompok),
6. Barat (Karanganyar Kauman),
7. Selatan Barat (Wadukan),
8. Karang Turi (Timur Wadukan), dan
9. Selatan Timur (Galan).

B. Kelurahan Kedungwungu, terdiri dari 3 dusun, yaitu:

1. Dusun Kedungwungu,
2. Padangan, dan
3. Ngampel.

Pada jaman Belanda Kelurahan Panunggalan dan Kelurahan Kedungwungu digabung menjadi satu menjadi Kelurahan Panunggalan saja.